Danh tính của Sanakht và vị trí của ông nằm trong biên niên sử của vương triều thứ ba hiện vẫn chưa rõ ràng và nó vẫn đang là chủ đề của các cuộc tranh luận. Mặc dù sự tồn tại của Sanakht đã được chứng thực nhờ vào các mảnh dấu vỡ được tìm thấy trong lăng K2 và từ một bức tranh vẽ, các khám phá khảo cổ gần đây tại Abydos đã giúp phủ nhận giả thuyết về việc ông là vị vua đã sáng lập nên vương triều thứ ba theo như các ghi chép của Manetho và cuộn giấy cói Turin. Những khám phá này đã giúp chứng minh rằng Djoser mới là người đã tiến hành an tàng và kế vị vua Khasekhemwy chứ không phải là Sanakht. Điều này có được là nhờ vào những dấu triện được tìm thấy ở lối vào ngôi mộ của Khasekhemwy, chúng đều khắc tên của Djoser[1]

Tuy nhiên, những người ủng hộ giả thuyết cũ vẫn cho rằng Sanakht chính là người đã sáng lập nên vương triều thứ ba, những bằng chứng về việc dấu triện của Djoser được tìm thấy trong ngôi mộ của Khasekhemwy chỉ đơn giản là nhằm để tôn vinh vị vua này và không nhất thiết phải ngụ ý rằng Djoser chính là người đã trực tiếp kế vị Khasekhemwy.[2] Sanakht có thể đã cưới nữ hoàng Nimaethap, và Nimaethap cũng có lẽ chính là con gái của Khasekhemwy hơn là vợ của ông ta. Họ có thể là cha mẹ của Djoser. Ngoài ra, một số người còn cho rằng Sanakht là anh trai của Djoser.

Các nhà Ai Cập học như Toby Wilkinson, Stephan Seidlmayer, Kenneth Kitchen và Rainer Stadelmann đồng nhất Sanakht với tên gọi "Nebka", một tên gọi xuất hiện trong các bản danh sách vua thời Ramesses. Giả thuyết này dựa trên bằng chứng đến từ một mảnh dấu vỡ mà trên đó còn lưu giữ lại được phần dưới của một đồ hình. Trong đồ hình này, Wilkinson cùng Seidlmayer và Stadelmann đều quan sát thấy vết tích còn lại của ký tự Ka, giống với phần cuối của tên gọi "Nebka".[3][4] Tương tự như vậy, Dietrich Wildung cũng ủng hộ quan điểm đồng nhất Nebka với Sanakht, mặc dù vậy ông ta lại nghi ngờ về độ chính xác của con dấu này bởi vì nó đã bị hư hỏng nặng và không thể đọc được dòng chữ "Nebka" trong đồ hình một cách chắc chắn.[5]

John D. Degreef, Nabil Swelim và Wolfgang Helck đều chống lại quan điểm cho rằng Nebka chính là Sanakht. Họ dựa vào thực tế đó là tên gọi "Nebka" lại không được chứng thực trên bất kỳ tượng đài nào cũng như trong bất kỳ ghi chép nào có niên đại trước thời Djoser.[5] Thay vào đó, Nabil Swelim lại đồng nhất Nebka với tên Horus là Khaba.[6] Ông ta còn tiếp tục đồng nhất Sanakht với vị vua Mesochris vốn được Manetho đề cập tới, và xem đây chính là cách viết thụy hiệu theo tiếng Hy Lạp của vua Sanakht. Ông ta còn xác định triều đại của Sanakht nằm xen giữa triều đại của vị vua thứ bảy và thứ tám của vương triều thứ 3.[6]

Jürgen von Beckerath, Wolfgang Helck, Dietrich Wildung và Peter Kaplony còn đưa ra giả thuyết cho rằng tên horus của Sanakht cũng chính là tên horus của Horus Sa, và nhìn nhận tên gọi "Sa" như là một cách gọi tắt của tên gọi "Sanakht".[7]

Tên của Sanakht cũng từng được các nhà Ai Cập học như Ernest Wallis Budge đọc là "Hen Nekht". Ngày nay, cách đọc tên này không còn được sử dụng nữa; Ngày nay tên của ông thường được đọc là "Sanakht" hoặc đôi khi là "Nakht-Sa".[8][9]